15. století - Husitské války

V průběhu husitských válek bylo město jako důležitý strategický bod dvakrát dobýváno husitskými vojsky - poprvé 25. dubna 1420, podruhé 12. listopadu 1420. Druhý útok byl pro město a jeho obyvatele tragický - většina obyvatel byla pobita, někteří byli upáleni v sakristii kostela. Prachatice se tak dostaly do rukou táboritů, kteří zde zanechali početnou posádku. Po vyhlášení kompaktát Prachatičtí uznali Zikmunda Lucemburského za krále a 18. prosince 1436 dosáhli toho, že město bylo přijato mezi města královská. Zároveň byla císařem potvrzena všechna starší privilegia týkající se zejména solného obchodu a skladu.

Výsada královského města však nezůstala městu dlouho. V roce 1437 je císař Zikmund zastavil Janu Smilovi z Křemže. Pod novou vrchností však nezůstalo město dlouho: Smila se v roce 1439 zmocnil Oldřich z Rožmberka a držel ho v zajetí na Krumlově až do roku 1447, kdy dal zajatce popravit. Na základě padělané listiny, podle níž mu císař Zikmund 21. prosince 1421 zastavil město Prachatice a Volary s příslušnými vesnicemi, prokázal Oldřich z Rožmberka svůj nárok na město. Později prodal Oldřich Prachatice bratřím Prokopovi a Janovi z Rabštejna. Pod Rabštejny zůstalo město až do roku 1493, kdy je Ladislav z Rabštejna prodal nejvyššímu zemskému písaři a hofmistru Janu z Roupova, od něhož je pak roku 1501 koupili bratři Vok, Petr a Oldřich z Rožmberka.

Zachované stavební památky ukazují, že století patnácté nepřineslo městu pouze zkázu v podobě útoků husitských vojsk. Počet obyvatel ve městě byl po válkách dokonce větší než na počátku století, a proto bylo třeba rozšířit počet městských domů. Nové domy tak byly v uzavřeném okruhu města vystavěny na východní straně tehdejšího náměstí. Domy na náměstí, pravděpodobně první budované z kamene, lze podle slohu kamenných portálů datovat do 2. poloviny 15. století.