Rozvoj v 16. století

I přes četné spory s okolními městy a městečky bylo 16. století pro Prachatice obdobím rozkvětu. Obchod na stezce dosáhl v 1. polovině 16. století vrcholu: Prachaticemi procházelo týdně 1200-1300 soumarů nesoucích náklad z Pasova do Čech a obráceně. Městský důchod byl mimo příjmu ze soli obohacen i o příjmy z prodeje kaprů z obecních rybníků, másla, sladu, vyhlášené žitné pálenky a také piva. Ostatně v okolí města byly zakládány mnohé nové chmelnice. Roku 1575 dokonce nařídil Vilém z Rožmberka Volarům a 32 poddanským vesnicím odběr piva pouze z Prachatic. Městu patřila i sklářská huť u Volar, která vyráběla zrcadla prodávaná až do Norimberka. Vrcholem hospodářského rozkvětu města byla koupě celého panství helfenburského s Bavororem a Strunkovicemi od Petra Voka z Rožmberka roku 1593. Město samo bylo také častým věřitelem své vrchnosti.

Nejlépe je bohatství a rozkvět renesančních Prachatic doložitelný na počtu zachovaných stavebních památek. Po roce 1507, kdy město zasáhl ničivý požár, bylo 16. století dobou nejživější stavební činnosti, často za účasti vlašských (italských) stavitelů. Ve dvacátých letech byla podél celého města vystavěna nová linie hradeb. Před původními gotickými průchozími branami byly zbudovány brány nové. Písecká (Dolní) brána s cimbuřím a s obrazem rožmberského jezdce na širokém průčelí je dodnes nádherným příkladem pevnostní stavby té doby. Uvnitř města byly přebudovány všechny veřejné stavby. V letech 1570-1571 byla vybudována radnice (Dnes nazývaná Stará radnice). Její průčelí s renesančními okny je pokryto malbou (tzv. chiaruscem) na téma soudnictví. Rozšiřování domů směrem do ulice (ve formě klenutého mázhauzu), dílčím přestavbám či úpravě vnitřních prostor domu věnovali pozornost i samotní majitelé domů. Krásnými renesančními malbami byla zdobena řada průčelí i vnitřních místností domů přímo na výstavném náměstí (Rumpálův dům, Sittrův dům, Bozkovského dům, Knížecí dům, dům nyní zvaný "U sv. Kryštofa") či v přilehlých ulicích (tzv. Haydlův dům, tzv. Husův dům, domy v Horní ulici).