Úpadek v 17. století

V roce 1601 prodal poslední vladař rožmberského dominia Petr Vok Prachatice císaři Rudolfu II. Císař město podporoval, v roce 1609 se město stalo opět městem královským. 11. března 1620 město přísahalo věrnost králi Fridrichu Falckému a postavilo se tak na stranu českých stavů. Většina jižních Čech byla v moci císařské strany a Prachatice, podstatně vzdálené od základen stavovských vojsk, očekávaly útok nepřátelských vojsk. V květnu 1620 bylo město neúspěšně dobýváno vojsky plukovníka Baltazara Maradase. Druhý útok vedený v září císařským generálem Karlem Buqoyem byl pro město tragický. 27. září 1620 podlehli obránci mnohonásobné přesile a dvoudenním dělostřeleckým útokům. Mnoho měštanů bylo povražděno, městu bylo uloženo výpalné ve výši 4500 zl. a znehodnocena privilegia.

Nedlouho po dobytí Prachatic bylo české stavovské vojsko poraženo v bitvě na Bílé hoře (8.listopadu 1620). Odbojné Prachatice ztratily všechny výsady a samozřejmě i svůj majetek, včetně helfenburského panství. Město bylo připojeno k panství krumlovskému a ztratilo práva města královského. 23. prosince 1621 udělil Ferdinand II. Habsburský celé panství svému nejvyššímu hofmistru - Janu Oldřichovi z Eggenberka.

Ještě v polovině 17. století bylo ve městě přes 70 zbořenišť a pustých domů. Takřka neustále v průběhu 30.leté války ve městě kvartýrovaly oddíly císařského vojska. V únoru 1641 přitáhli do města Švédové, kteří požadovali od obce výpalné 5000 říšských tolarů. Aby útrap nebylo konec, v roce 1647 bylo město postiženo morovou epidemií.

Obchod na stezce neustále upadal. Již dříve začal být Habsburky protěžován dovoz císařské soli z rakouských zemí uvalením vyšších cel na sůl bavorskou (pasovskou).Již v červnu 1564 byl vyhlášen monopol císařské soli pro území na východ od Vltavy. Po dobu třicetileté války císař dovoz bavorské soli zásadně neomezoval, neboť mezi dodavateli byla řada jeho politických spojenců. Doprava byla však i tak velice silně ovlivněna válečnými událostmi, zejména pak trvalým nedostatkem koní a povozů. Odhadem byl výnos z obchodu na "Zlaté stezce" na konci 17. století o dvě třetiny nižší než kolem roku 1670. V Prachaticích byl dokonce zřízen sklad soli císařské, později doplněn zákazem vozit sůl bavorskou do měst se skladem císařské soli (tedy i do Prachatic). Pasov tak logicky odpověděl zastavením nákupů obilí, sladu a pálenky z Prachatic. V roce 1706 byl solní sklad císařské soli přenesen do Českého Krumlova, obchod na stezce se však již nepodařilo oživit.